Trung tâm Y tế quân dân y huyện đảo Cồn Cỏ được thành lập theo Quyết định số 2139/QĐ-UNBD ngày 6/10/2015 của Ủy ban nhân dân tỉnh.  Hiện nay cơ sở Trung tâm đã hoàn thiện với quy mô khoảng 15 giường bệnh, Trang thiết bị hiện mới chỉ có bộ trung phẩu, bộ làm răng, máy siêu âm xách tay. Tại hội nghị các đại biểu đã thống nhất một số nội dung như: Thực hiện việc kiểm tra, giám sát, điều động và phân công lực lượng quân y trên đảo về trung tâm phối hợp với dân y thực hiện nhiệm vụ vệ sinh phòng dịch, khám chữa bệnh theo sự phân công của lãnh đạo Trung tâm; tham mưu Ủy ban nhân dân tỉnh bổ nhiệm lãnh đạo phụ trách trung tâm; Đảm bảo trang bị phương tiện, thiết bị, dụng cụ, hóa chất…để hoạt động khám chữa bệnh tại trung tâm đi vào hoạt động nhằm phục vụ quân và dân trên huyện đảo tốt nhất.